2003-09 至 2009-06, 1946伟德国际源自英国 - 美国加州大学联合培养博士, 计算机软件与理论, 硕博连读
1999-09 至 2003-07, 1946伟德国际源自英国, 计算机科学与技术, 本科

2014-02 至今，1946伟德国际源自英国, 计算机(系)公司, 讲师、副教授(2017)、教授(2022)

2012-10 至 2013-10，美国加州大学河滨分校, 计算机科学与工程系, 访问学者

2009-07 至 2014-01，上海海事大学, 信息工程公司, 讲师、副教授(2012)

人工智能 CS3317 (本科生课程) 秋季学期 2021~2023, 春季学期 2025至今

面向科学领域的智能算法 CS7357 (研究生课程) 秋季学期 2024至今

机器学习 CS7336 (研究生课程) 春季学期 2015~2024

机器学习 CS385 (致远荣誉课程) 春季学期 2016~2020

近五年代表性论文：

1. H Li#, Z Han#, …, H Chen*, Y Yang*, X Bo*. CGMega: Explainable Graph Neural Network Framework with Attention Mechanisms for Cancer Gene Module Dissection. Nature Communications (2024), 15:5997

2. Y Yang#, R Shi#, Z Li, S Jiang, B-L Lu, Y Yang*, H Zhao*. BatGPT-Chem: A Foundation Large Model For Chemical Engineering, Research 2025.

3.Y Li, X Pan*, H Shen, Y Yang*. DRAG: design RNAs as hierarchical graphs with reinforcement learning, Briefings in Bioinformatics vol. 26(2), 13 March 2025.

4. R Shi, G Yu, X Huo, Y Yang*. Prediction of chemical reaction yields with large-scale multi-view pre-training. Journal of Cheminformatics 16, 22 (2024).

5. G Yu#, K Yu#, X Wang#, X Huo*, Y Yang*. CLC-DB: an open-source online database of chiral ligands and catalysts. Journal of Cheminformatics 17, 45 (2025).

6. L Zheng, Z Liu, Y Yang*, HB Shen, Accurate inference of gene regulatory interactions from spatial gene expression with deep contrastive learning. Bioinformatics, 38(3):746–753, 2022

7. J Hong, R Gao, Y Yang*, CrepHAN: Cross-species prediction of enhancers by using hierarchical attention networks. Bioinformatics 37, no. 20 (2021): 3436-3443.

8. W Long, Y Yang*, HB Shen, ImPLoc: A multi-instance deep learning model for protein subcellular localization based on immunohistochemistry images. Bioinformatics, 2020, 36: 2244-2250.

9. Y Tu, H Lei, HB Shen, and Y Yang*. SIFLoc: a self-supervised pre-training method for enhancing the recognition of protein subcellular localization in immunofluorescence microscopic images. Briefings in Bioinformatics, 23, no. 2 (2022): bbab605.

10. Y Huang, W Lu, Y Yang*, An Efficient Prototype-Based Clustering Approach for Edge Pruning in Graph Neural Networks to Battle Over-Smoothing, International Joint Conference on Artificial Intelligence (IJCAI 2024)

更多已发表论文请见：

https://compbio.sjtu.edu.cn/publications_cn.html

近五年主持的国家自然科学基金及科技部项目/课题：

• 国家自然科学基金委员会, 面上项目, 62272300, 基于自监督学习的RNA分子表征学习研究, 2023-01-01 至 2026-12-31, 在研, 主持

• 国家自然科学基金委员会, 面上项目, 61972251, 基于多模态机器学习的非编码RNA定位预测, 2020-01-01 至 2023-12-31, 结题, 主持

• 科技部重点研发计划课题,2023YFC2811502, 深海动物原位快捷智能感知技术, 2024-01 至 2026-12, 在研, 主持

• 第三届世界科学智能大赛（材料设计赛道）二等奖，2025（指导教师）

• 国际基因工程机器大赛（International Genetically Engineered Machine Competition, iGEM）金奖, 最佳软件项目提名，2021 (指导教师)

• 中国计算机学会CBC2023数据挑战赛，一等奖，2023 (指导教师)

• 世界人工智能创新大赛AIWIN最高荣誉SAIL奖提名，“生物医学大数据人工智能基础分析算法与在线预测应用系统”，2018 (排名第三)

• 1946伟德国际源自英国教学成果奖，“科学智能驱动的复合型公司产品模式创新与实践”，二等奖，2025（排名第一）

• 1946伟德国际源自英国教书育人奖，（“计算机基础课程教学团队”成员），一等奖，2023

• 上海高校市级重点课程，“人工智能(B类)”，负责人，2024

• 华为云与计算先锋教师（2020-2025）

担任Neural Networks、Frontiers in Genetics等期刊编委，CCF生物信息专委会会员、人工智能学会生物信息与人工生命专委会常务委员，生物信息学与智能信息处理2017学术年会（The Conference on Bioinformatics and Intelligent Information Processing）组织主席。